تتصدر "الكاتدرائية" مشهد البطولة في أعياد الأقباط التي تحتل الشاشات منذ عهد البابا الراحل شنودة الثالث، ما دفع البعض للظن بأنها مُجرد كنيسة يتوافد الأقباط عليها ليؤدون شعائرهم الدينية ويتممون مراسم طقوسهم ليخرجون بعدها ولا يعودون إلا في الأعياد والمناسبات فقط، لكن الحقيقة أن الكاتدرائية تُعتبر بالنسبة للأقباط دولتهم الخاصة التي يجدون بين أسوارها، التي بناها 700 عامل، مساعيهم المدنية والدينية، وقلعتهم التي تُشبه في الخارج سفينة نوح للإشارة إلى أنها طوق النجاة والتي تحتل مساحة 6200 متر مربع.

وتهتم الكنيسة بجماعية القرار، ويؤمن البابا تواضروس الثاني بابا الاسكندرية وبطريرك الكارزة المرقسية  بأهمية التخصيص والمشاركة في آن واحد، فاقمت بعمل هيكل تنظيمي لها، لإدارة الشؤون الكنيسة بشكل احترافي وتخصصي حيث يتكون الهيكل التنظيمي من 12 لجنة تتكون كل لجنة من بعض المطارنة والاساقفة والكهنة المتخصيين في الموضوعات التي تناقشها للجنة فهناك اللجنة الدائمة ولجنة سكرتارية المجمع المقدس وهو مطبخ اسرار الكنيسة، ولجنة الرعاية والخدمة ولجنة الطقوس ولجنة الايمان والتعليم ولجنة الاسرة ولجنة الاعلام والمعلومات ولجنة العلاقات العامة ولجنة العلاقات المسكونية ولجنة الرهبنة والاديرة ولجنة شؤون المهجر ولجنة شؤون الإيبارشيات.

ووفقا لذلك التقسيم يقوم كل لجنة بمناقشة الموضوعات التي تطرأ على الكنيسة بين الحين والآخر، للخروج بتوصيات محددة، تعرض على الـ130 مطرانا واسقفا الذي يكونون المجمع المقدس كاملا برئاسة البابا، ويتم استطلاع رأس الأعضاء في كل قرار، لتخرج الكنيسة في النهاية بأكبر عدد من قالرارات الوطنية والكنسية والتي تخدم وترعى مصالح الشعب القبطي في مصر والمهجر. وتقوم اللجان الدائمة بدورها بالمجمع سواء اتخاذ قرارات فى الظروف الطارئة فقط فيما عدا ما يخص الإيمان والعقيدة وفقا للكنيسة من ثم يتم عرض القرارات التى اتخذت في الظروف الطارئة في أول جلسة للمجمع.

كما تقوم اللجان الدائمة بالمجمع أيضا بوظيفة استشارية ومهمة وهى تقديم الاستشارات للبابا تواضروس فيما يعرض عليه من موضوعات وتعمل اللجنة الدائمة بالمجمع المقدس على المتابعة سواء في تنفيذ قرارات المجمع المقدس التى اتخذت بعد جلسة الانعقاد وتنفيذ هذه القرارات على أرض الواقع.

أما لجنة شئون الرهبنة والأديرة فمهمتها الإشراف على كل ما يختص بالأديرة القائمة وعمل حصر رسمى بالأديرة المعترف بها وتقنين أوضاع الأديرة الجديدة تمهيدا للاعتراف بها ورعاية الرهبان والراهبات.

وتقوم لجنة السكرتارية بدورها بالمجمع المقدس وهو كالآتى: حفظ كل مستندات المجمع أو صور منها وما يتم إصداره من قرارات وتدوين وحفظ محاضر الجلسات والمراسلات ومشروعات القرارات والبحوث المتنوعة والدراسات وإرسال ما يلزم منها لأعضاء المجمع بالإضافة إلى متابعة أعمال لجان المجمع وحفظ قراراتها لعرضها على المجمع المقدس وكذلك ما تقدمه اللجان من توصيات أو دراسات وإرسال الدعوة لأعضاء المجمع لحضور جلساته بناء على توجيهات قداسة البابا وإعداد ما يلزم تقديمه للمجمع من بيانات أو مشروعات أو قرارات لجان أو دراسات واستلام ما يرد إلى المجمع من شكاوى أو مقترحات مع فحصها وتحويلها إلى اللجان المختصة أو عرضها على قداسة البابا وتلقى توجيهاته.

وتنقسم لجنة الرعاية بالكنيسة إلى 8 لجان فرعية وهى: لجنة إخوة المسيح الأصاغر ولجنة الصحة النفسية ومكافحة الإدمان ولجنة بيوت الضيافة ولجنة رعاية المغتربين ولجنة السجون ولجنة التنمية الاقتصادية ولجنة الرعاية الصحية ولجنة ذوى القدرات الخاصة.

أما لجنة شئون الإيبارشيات فلها مهام محددة وهى بحث مشكلات الإيبارشيات وحلها والتركز على رعاية الإكليروس وأسرهم ورعاية المكرسين والمكرسات وحل مشكلاتهم وتضم لجنتين فرعيتين وهما لجنة رعاية شئون الكهنة ولجنة التكريس.

ولجنة الإعلام والمعلومات لها دور بالمجمع وهو الإشراف على القنوات الفضائية المسيحية والمجلات المسيحية وتحديث العضوية الكنسية وتوثيق التاريخ الكنسى المعاصر من مصادر موثوق بها، وتضم اللجنة ثلاث لجان فرعية وهى لجنة القنوات الفضائية ولجنة العضوية الكنسية ولجنة تسجيل التاريخ الكنسي.

كما يوجد ثلاث مقرات بابوية الاولى بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية، والثانية بالاسكندرية والثالثة بدير الانبا بيشوى بوادى النطرون حيث يمارس بها قداسة البابا تواضروس الثانى، عمله الادارى كمدير للكنيسة القبطية وهذا من خلال التقرير التى يتلقها من خلال اللقاءات أو عبر الفديو، حيث يتلتقى باساقفة المحافظات والمهجر والايبارشيات والاقاليم اثناء تواجدهم بالقاهرة قبل العظة الاسبوعية أو بعدها من البرتكول ان يزور البابا قبل المقر الخاص بالدير التابع له ويعطى له تقرير عن الايبارشية المسؤل عنها وابرز المستجدات ، كما يعقد البابا اجتماعات بشكل دورى مع كهنة المهجر من داخل المقر عبر فيديو الكونكر، كما يلتقى بالعلمانية المفوضين لادارة بعض مصالح الكنيسة مثل المكتب الباباوى للمشروعات والتى ترئسة الاستاذه بربارة سليمان، ويعتبر واحدًا من أبرز المؤسسات الاجتماعية في الكنيسة الأرثوذكسية، حيث يمول عدد كبير من المشروعات، وحرص البابا على تشجيع المواطنين، وكان من الضروري دعم احتياجاتهم المعيشية الأساسية وأن يجدوا مدارس جيدة لأطفالهم وخدمات صحية جيدة، ومن هذا المنظور، أنشأ قداسته المكتب البابوي للمشروعات في عام 2013 وتحت إشرافه المباشر للعمل جنبًا إلى جنب مع أسقفية الخدمات فى خدمة مجتمعنا ويدعم المكتب مجالات الخدمة المختلفة ومع ذلك فإنه يركز بشكل خاص على دعم المبادرات التى تعزز تقديم خدمات صحية وتعليمية عاليه الجودة وبناء القدرات داخل الكنيسة لخدمة اعالم بشكل افضل وكذلك الاستجابة لالحتياجات الانسانية، من أبرز أهدافه  بناء القدرات البشرية مع التركيز بشكل خاص على تحسين تقديم الخدمات الصحية والتعليمية للجميع، ويشجع على إنشاء مرافق التعليم والرعاية الصحية.

والمكتب الفنى ويرئسة المستشار بيشوى باسل، وهو جهة ذات طابع قانوني هندسي، تأسس في 30 أغسطس عام 2020، بموجب قرارًا باباويًا، وهو الجهة المنوط بها البت الهندسي والقانوني لكل العقارات التابعة للكنيسة القبطية الأرثوذكسية وموقفها القانوني، من كنائس ومباني خدمات ومشروعات مثل المستشفيات والمزارع والمدارس وخلافه، إضافة إلى الأديرة ومشروعاتها، وهو الجهة المنوط بها استخراج تراخيص بناء الكنائس والمستشفيات والمدارس وأى مبان أخرى تابعه كما تعمل اللجنة على التقديم على تخصيص الاراضى الجديدة لتلك المشروعات، بالاضافة إلى تقنين اوضاع الارض التى كانت زراعية ولم تعد صالحة للاستخدام الزراعى فيقوم المكتب الفنى بتغير نشاط الارض ومتابعة العمل حتى استخراج رخصة بناء الكنيسة.

وتعتبر الكاتدارائية مطبخ من مطابخ الكنيسة حيث تحوى بداخلها عدد من المؤسسات القبطية التى لا يستهين بها هي الأهم للقباط، فعلى سبيل المثال يقع في واجهة البوابة الأولى لها والمُطلة على شارع رمسيس، مسرح الأنبا رويس وهو أكبر مؤسسات الكاتدرائية ويُعرف في الشارع الكنسي باسم "دار الأوبرا القبطية" نظرًا لفخامته التي بدا عليها بعد تجديده في الآونة الأحدث، ليعتليه عدة فرق قبطية عالمية مثل فرقة "دافيد" العالمية، والكورال الأوبرالي "أم النور"، والفريق الإسكندري "قلب داوود"، وفريق التسبيح القبطي وغيرهم من الفرق التي لها صيت جلل في الشارع الكنسي، وتحتل ميمنة مسرح الأنبا رويس "وزارة الإعلام القبطية" ومركز الكنيسة لمخاطبة الصحفيين ورجال الكاميرا، وهو المركز الإعلامي للكنيسة، بينما الجزئان اليساري والعلوي من ذاك المسرح يحتله ما يُمثل وزارة البحث العلمي بالكنيسة، حيث يقع بالجزء اليساري مقر المعهد العالي للرعاية والتربية الكنيسة والذي يحتل عمادته بابا الكنيسة ويشرف على وكالته الأنبا موسى أسقف الشباب، أما الدور العلوي بأكمله فهو مُخصص للمعهد العالي للدراسات القبطية بكافة، ويقع على يمين مسرح الأنبا رويس، المقر الباباوي وهو مخزن أسرار قداسة البابا ومقره وسكنه المُثبت ببطاقة الرقم القومي الخاصة به، ويُمثل بالنسبة للأقباط "مقر الرئاسة"، لا سيما أنه أحد المباني الأشد أمنًا على مستوى مصر، حيث يشتمل المقر الباباوي على مكتب البابا تواضروس الخاص، وكذا مكاتب أعضاء السكرتارية الخاصة به، وكذا كنيسة تحمل اسم كنيسة "المقر الباباوي"، وفي دورها الأعلى تشتمل على "قلاية البابا"، وهي مسكنه الخاص والذي ينقسم إلى جزئين الأول منهما هو العام، أما الثاني هو الأشد خصوصية في حياة البابا وهو المعروف بـ "المحبسة" وهو ضيقًا من حيث المساحة ويُشبه في بساطته قلايات الرهبان حيث يمارس به البابا صلواته الخاصة وتضرعاته إلى الله لأجل الكنيسة والوطن.

ويقع في الجهة الخلفية من الكنائس مايُشبه وزارة الأوقاف القبطية، وهو الديوان الباباوي والذي يشتمل على مكاتب عشرات الموظفين المسؤولون عن أوقاف الكنائس القبطية الارثوذكسية وكذا الإيبارشيات والأديرة، بينما يقع على ميمنة ذاك الديوان مدفن القديس مرقس رسول السيد المسيح ومؤسس الكنيسة المصرية، والذي يقع من الداخل على ميمنة بوابة رقم (٣) المطلة على شارع مستشفى الدمرداش من الخارج.

كما يوجد مؤسستان من أكبر المؤسسات الكنيسة من حيث الفاعلية وليس المساحة الأولى تُمثل وزارة التعليم بالكنيسة، وهي الكلية الإكليركية للعلوم اللاهوتية والدراسات الكنسية، وهي المنوط بها تخريج القساوسة ورجال الدين، بينما الثانية هي وزارة الشباب القبطي، والتي تُعرف باسم أسقفية الشباب ويرأسها الأنبا موسى، ويعاونه في تدبير شؤونها الأنبا رافائيل أسقف عام كنائس القاهرة وسكرتير المجمع المقدس، وتشتمل تلك البقعة على أهم مؤسسة تخص الشعب القبطي وهي محكمة الأسرة، اللقب الذي يُطلقه بعض الأقباط على ما يحمل كنسيًا مُسمى "المجلس الإكليريكي" وهي الجهة المنوط بها البت في قضايا الانفصال بين الأزواج الأقباط الأرثوذكس.

وتتاخذ القرارات فى الكنيسة بشكل أن كل اسقف مسؤول عن ملف معين أو ايبارشية معينة أو اسقفية معينة بيتخذ القرارات بمعونة فريق متخصص فى كل ملف مثل فريق مخصص للأمور الرعوية فريق مخصص للماليات  فريق مخصص لاجتماعات الشباب فريق مخصص للتربية الكنيسة وهكذا...

أما فى المجمع المقدس فبيتم اتخاذ القرارات بالجمعية والتصويت الجماعى هكذا تكون الية اتخاذ القرارات، حيث أكدت الكنيسة في بيان لها صدر سابقا على رفضها للعلاقات الجنسية المثلية. داعمةً رأيها بالعديد من الآيات الكتابية التي تعلن بوضوح رفض مثل هذه العلاقات المنافية للطبيعة الإنسانية التي خلقها الله.

ومن ابرز اتخاذ القرارات التى اتخذت فى الفترة الماضية هى: 

١-  إعادة الحياة الرهبانية  لدير القديس الأمير تادرس الشطبي (للرهبان) - بمنفلوط.

٢- إعادة الحياة الرهبانية لدير الأمير تواضروس المشرقي المحارب (للراهبات) - بالأقصر.

 ٣- الاعتراف بدير القديس بولس الرسول (للرهبان) - بكاليفورنيا.

٤- الاعتراف بدير القديس تادرس والقديس موسى الأسود (للرهبان) - بطريق الإسماعيلية.

٥- الاعتراف بدير السيدة العذراء ورئيس الملائكة ميخائيل (للرهبان) بالبهنسا.

٦- بعد التشاور مع الكنائس الشقيقة في العائلة الأرثوذكسية الشرقية تقرر تعليق الحوار اللاهوتي مع الكنيسة الكاثوليكية، وإعادة تقييم النتائج التي حصدها الحوار من بدايته منذ عشرين سنة، ووضع معايير وآليات جديدة يسير عليها الحوار مستقبلًا.

٧- تأسيس المكتب الفني العام بالبطريركية مع إنشاء  فروع بالإيبارشيات  ليقوم بالتواصل مع الجهات الحكومية المتنوعة وإنهاء الإجراءات الخاصة بالكنائس.

٨-  تأسيس مكتب يحمل اسم HIGH وهي اختصار الشعار Hands in God’s Handوهو مختص للتواصل بين أبناء الكنيسة القبطية في الخارج وبين المناطق المحتاجة للخدمة في الداخل.

٩- تأسيس الأمانة العامة للمستشفيات القبطية بالقاهرة، على غرار الأمانة العامة للمستشفيات القبطية بالإسكندرية.

وجاءت أهم التوصيات: 

١- وضع موضوعات تشجع على تأصيل روح المواطنة والدور الإيجابي في المجتمع داخل مناهج التربية الكنسية.

٢- أن يكون لكل كنيسة صفحة خاصة بها على إحدى قنوات التواصل الاجتماعي، توضع عليها كل أنشطة الكنيسة وأرشيف خاص للقداسات والعظات والنهضات الروحية بالكنيسة.

 ٣- تُؤكد الكنيسة القبطية الأرثوذكسية على موقفها الثابت برفض كافة أشكال العلاقات المثلية الجنسية، وذلك لمخالفتها الكتاب المقدس والقانون الذي خلق الله به الإنسان ذكرًا وأنثى، وتعتبر أن أي مباركة أيًّا كان نوعها لمثل هذه العلاقات، مباركةً للخطية، وهذا أمر مرفوض.

 ٤- التوعية بخطورة زواج الأقارب وما ينتج عنه من اضطرابات وإعاقات في الأجيال التالية.

٥-  تفعيل عمل مكاتب التنمية والرعاية الاجتماعية بالإيبارشيات والتنسيق بينها وبين لجنة شركاء التنمية بالكنيسة القبطية الأرثوذكسية من خلال أسقفية الخدمات العامة والاجتماعية. 

٦- ضرورة الاهتمام بتحويل الأسر المعتمدة على الإحسان إلى أسر منتجة وصاحبة دخل والحرص على تعليم أبنائهم، والاستفادة من  مشروع "بنت الملك"، والاهتمام بتقديم شنطة بركة لهم تراعي التغذية السليمة. 

٧-  ضرورة إضافة موضوعات الصحة النفسية في دورات المقبلين على الزواج وكذلك في اجتماعات إعداد الخدمة واجتماعات الشباب.

 ٨- عمل لجان مصالحة أسرية قبل اللجوء إلى المجلس الإكليريكي تتكون من: كاهن، ومستشار قانوني، وطبيب نفسي، وعنصر نسائى.

 ٩- إضافة تحليل المخدرات ضمن الفحوصات المطلوبة قبل الخطوبة.

 ١٠- أهمية توثيق عقود الزواج مع الصلوات الطقسية للإكليل بالكنيسة.

 ١١- الاهتمام بمدرسي التربية الدينية المسيحية بالمدارس  وعمل دورات تدريبية لهم ومتابعتهم روحيًّا، وترتيب اجتماعات دورية لهم عن طريق أب كاهن مسؤول بكل إيبارشية. 

 ١٢-  تجميع كل الكتب التي تُرجمت من التراث القبطي إلى لغات أخرى وإصدارات الكتب الجديدة الخاصة بكل إيبارشية في الخارج في موقع واحد وذلك لمشاركة الفائدة ولتفادي ازدواجية الترجمة.

 ١٣- تصلى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية من أجل وحدة الكنيسة الأرثوذكسية  الشقيقة في إثيوبيا، ولأجل أن يعم السلام والمحبة بين الجميع.

حيث هذه القرارات والتوصيات إفادة الكنيسة الشعب القبطى لأنها أمور بالطبع تخص الشارع الكنسى والكنيسة حين اتخاذ القرارات بتساعد على توجيه الشارع الكنسى للأفضل.